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Microbiologie

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jsl83's version from 2016-01-20 06:54

Valeurs à connaître

 

Question Answer
Taille d'une cellule~ 10-20 µm en général, jusqu'à 100 µm.
Taille d'une bactérie~ 5 µm (à peine visible en MO).
Taille d'un virus~ 100 nm, trop petits pour êtres visibles en MO.
Nombre de bactéries dans l'eau de mer1 million par ml.
Nombre de bactériophages dans l'eau de mer10 millions par ml.
Nombre de bactéries dans l'intestin10^13 à 10^14.
Rapport bactéries/cellules humaines10 fois plus de bactéries que de cellules humaines (100 fois plus en termes de gènes).
Taille du chromosome bactérien~ 4,5 Mpb.
Taille d'un plasmideDe 2 à 200 kpb.
Épaisseur du peptidoglycaneGram+ 80 nm / Gram- 5 à 10 nm.
Taux d'erreur de l'ADN-polymérase1 erreur sur 10^9 à 10^10 nucléotides.
Passage d'une porineMolécules < 600 Da.
Taille de SV4045 nm / 5 kb.
Taille d'un gros virus à ADN120 à 250 kb.
Taille d'un picornavirus30 nm.
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Historique

 

Question Answer
Robert KochFin XIX, expérimentation sur les bactéries, boîte de pétri, mise en culture.
ChamberlanXXe, découverte des virus grâce à un filtre en porcelaine qui retient les bactéries.
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Variétés de bactéries

 

Question Answer
AutotropheBactérie transformant la matière minérale (CO2) en matière organique.
HétérotropheBactérie dégradant la matière organique, peut croître sur de nombreux substrats (ex. pétrole).
FermentationBactérie qui peut croître en l'absence d'O2 ou N2, dégradation de molécules complexes en éléments simples.
PrototropheBactérie capable de synthétiser les AA dont elles ont besoin.
AuxotropheBactérie incapable de synthétiser un ou plusieurs AA, devant le(s) récupérer dans son environnement.
PsychrophileBactérie capable de vivre à des températures basses (mois de 5 °C).
MésophilesBactérie vivant à un optimum de 37 °C.
ThermophilesBactérie vivant de 60 à 100 °C
Aérobie stricteBactérie nécessitant la présence d'O2.
Aérobie facultativeBactérie pouvant utiliser l'O2 mais pouvant aussi s'en passer (exemple fermentation).
Anaérobie aérotoléranteBactérie n'utilisant pas l'O2 mais en supportant la présence.
Anaérobie stricteBactérie ne survivant pas en présence d'O2.
Micro-aérophileBactérie nécessitant une pO2 bien précise (exemple dans l'eau, à une profondeur déterminée).
AcidophileBactérie supportant un pH très bas.
NeutrophileBactérie croissant à pH neutre ~ 7.
BasophileBactérie pouvant vivre jusqu'à un pH de ~ 10.
OsmotoléranteBactérie pouvant vivre dans des milieux à salinité très variée.
HalophileBactérie pouvant vivre dans des milieux extrêmement salées, jusque ~ 6 M NaCl.
BarophileBactérie nécessitant une pression jusque 400 atm.
CoqueBactérie de forme sphérique.
BacilleBactérie en forme de bâtonnet.
VibrionBactérie en forme de virgule, de quartier le lune.
SpirochèteBactérie en forme de long ver de terre.
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Paroi bactérienne

Question Answer
OmpC/FPorines étroite (C) et large (F) régulées selon le milieu extracellulaire.
PhoEPorine apparentée à Omp, laissant passer les phosphates.
LamBPorine laissant passer le maltose ou la maltodextrine.
SidérophoreProtéine sécrétée par la bactérie, ayant une très haute affinité avec le fer. Se lie aux ions Fe3+ puis sont récupérés via les récepteurs sidérophores de la membrane.
PorineCanal protéine en trimère, laissant passer les molécules hydrophiles < 600 Da.
PerméaseProtéine de transport spécifique pour un substrat particulier. Peut être couplé au gradient de proton, à l'ATP, à l'ajout d'un phosphate.
SecBProtéine chaperone reconnaissant la séquence signal de la protéine en cours de formation.
SecAATPase fournissant l'énergie pour la translocation de la protéine en cours de formation dans la membrane.
LepBProtéine clivant la séquence signal à la face externe de la membrane interne.
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Réplication, transcription, traduction du génome bactérien

Question Answer
oriRSéquence d'origine de réplication.
HélicaseEnzyme séparant les 2 brins d'ADN à partir d'oriR.
PrimaseEnzyme synthétisant une amorce d'ARN.
ADN-polymérase IIIEnzyme synthétisant le brin d'ADN complémentaire à partir de l'amorce d'ARN.
ADN-polymérase IEnzyme remplaçant les amorces d'ARN par de l'ADN. Possède une activité de relecture et correction (exonucléase 5'>3' et 3'>5').
ADN-ligaseEnzyme reliant par des liens covalents les fragments d'ADN synthétisés.
TopoisomérasesEnzymes maintenant la topologie de l'ADN en introduisant ou supprimant des tours d'hélice (superenroulement).
Fragment d'OkazakiFragment d'ADN synthétisé sur le brin retardé (~ 1.000 à 2.000 nucléotides chez la bactérie).
EndonucléaseEnzyme scindant un brin d'ADN en 2 fragments. Endo = coupe à l'intérieur du génome (opposé à exonucléase, attaque par un bout).
ConcatémèrePolymère d'ADN contenant une série de copies du génome.
PromoteurSéquence composées de deux séquences, boîtes -35 et -10 (= Pribnow, "TATAAT").
TerminateurStructure tige-boucle suivie d'une série de T (U sur l'ARN).
ARN-polyméraseEnzyme réalisant la transcription de l'ADN en ARN. Contient le facteur sigma reconnaissant la boîte de Pribnow.
Séquence de Shine-DalgarnoSéquence (AGGAGG) 5 nucléotides en amont du codon start (AUG), reconnue par l'ARNr complémentaire (16S) de la sous-unité 30S du ribosome.
OpéronSéquence de plusieurs gènes impliqués dans une même voie métabolique (ex. opéron lactose).
RégulonGènes co-régulés dispersés dans le génome.
LacIProtéine répresseur de l'opéron, constitutive.
LacZBeta-galactosidase, clive le lactose en glucose + galactose.
LacYLactose perméase, permet le passage du lactose vers le cytoplasme.
LacALactose transacétylase (rôle inconnu).
OpérateurSéquence d'ADN chevauchant la région du promoteur de la transcription.
IPTGAnalogue du lactose permettant de lever l'inhibition induite par LacI mais non métabolisable par la bactérie (utilisation en laboratoire).
PhosphorelaySystème de régulation basé sur la phosphorylation de protéines. Exemple EnvZ, senseur transmembranaire d'osmolarité, phosphoryle OmpR qui va activer la transcription de OmpC et réprimer celle de OmpF.
Réponse SOSRégulon de 17 gènes réprimés par LexA. En cas de dommage à l'ADN, inhibition de LexA et transcription des gènes de protéines réparatrices de l'ADN.
Facteur sigmaConstituant de l'ARN-polymérase permettant la reconnaissance du promoteur de transcription. Végétatif habituellement exprimé, alternatif dans certaines situations particulières.
MicFMicro-ARN inhibant la transcription de OmpF.
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Mutations

Question Answer
TransitionÉchange de deux nucléotides de type purine (AG) ou pyrimidine (CT).
TransversionChangement de type de base purine contre pyrimidine (AT ou CG).
DélétionOmission d'un nucléotide.
InsertionUn nucléotide supplémentaire.
Mutation silencieusePas d'effet sur la traduction.
Mutation non-sensIntroduction d'un codon STOP au milieu d'une région codante.
Mutation faux-sensChangement de l'AA introduit dans la protéine.
Mutation frame-shiftChangement du cadre de lecture.
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Bactériophages

Question Answer
Cycle lytiqueCycle classique des virus dans les cellules, utilisant la machinerie enzymatique de la bactérie pour se répliquer, jusqu'à la lyse de celle-ci.
LysogénieIntégration du génome viral dans le chromosome de la cellule hôte.
Répresseur cIProtéine empêchant l'expression des gènes du cycle lytique.
IntProtéine intégrase, intégrant le génome du phage à celui de la bactérie (entre les gènes gal et bio).
XisCofacteur de Int, inversant son effet, excision du génome du phage de celui de la bactérie.
CroActivation du cycle lytique.
attB et attPSéquence d'attachement sur la bactérie (B) et sur le phage (P).
Recombinase homologueRecombine deux séquences semblables.
Recombinase à site spécifiqueRecombine deux séquences spécifiques, particulières à un type de recombinase.
ProphageBactériophage intégré au génome, en état latent.
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Transfert de l'information génétique

Question Answer
Gènes traGènes impliqués dans le transfert de plasmides conjugatifs.
oriTSéquence du plasmide reconnue par l'endonucléase impliquée dans le transfert de plasmide conjugatif.
Plasmide conjugatifPlasmide contenant oriT et l'opéron nécessaire à la conjugaison.
Plasmide mobilisablePlasmide ne contenant que oriT et l'endonucléase, utilisent la machinerie des plasmides conjugatifs pour effecteur leur transfert.
SISéquence d'insertion, contient un gène pour une transposase et deux SRI (séquences répétitives inverses). Se "déplace" dans le génome.
Transposon compositeSéquence contenue entre deux SI, pouvant être déplacée "en bloc" par la transposase.
TransposaseProtéine déplaçant une séquence d'ADN dans le génome.
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Immunité bactérienne

Question Answer
Enzyme de restrictionEndonucléase reconnaissant la séquence palyndromique GAATTC. Exemple EcoR1.
Enzyme de modificationEnzyme ajoutant de groupements méthyle sur la séquence CTTAAG pour la protéger de EcoR1.
Région CRISPRSéquence de 20 à 30 nucléotides séparés par un spacer de 30 nucléotides.
CasGène codant pour une endonucléase guidée par les séquences CRISPR.
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Agents antibactériens

Question Answer
Pasteurisation30 minutes à 63 °C, tue les bactéries pathogènes (mais pas stérilisation).
UHT2 secondes à 141 °C, sorte de pasteurisation à temps très court (pas stérilisation).
Autoclavage20 minutes à 121 °C (P = 2 atm), stérilisation.
Chaleur sèche2-3 heures à 160 °C, stérilisation.
PénicillineAntibactérien agissant sur les transpeptidases et carboxypeptidases du peptidoglycane.
VancomycineAntibactérien agissant sur la transglycosilase du peptidoglycane.
BacitracineAntibactérien agissant sur la flipase du peptidoglycane.
Spectre d'actionGamme de bactéries sensibles à un antibiotique donné (cible présente, atteinte et reconnue).
Beta-lactamaseEnzyme inactivant la pénicilline en coupant le noyau beta-lactame.
Acide clavulaniqueMolécule inhibant la beta-lactamase, ajoutée à la pénicilline.
CATChloramphénicol acétal transférase, enzyme inactivant le chloramphénicol en lui ajoutant un groupement acétyle.
VanXRetrait d'un D-Ala sur l'acide N-acétylmuramique.
VanAAjout d'un D-Lac sur l'acide N-acétylmuramique (à la place du D-Ala).
CiprofloxacineAntibactérien agissant sur l'ADN-gyrase (topoisomérase type II).
RifampicineAntibactérien agissant sur l'ARN-polymérase.
Érytrhomycine, chloramphénicolAntibactériens agissant sur l'unité 50S du ribosome bactérien.
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Virologie

Question Answer
VirionParticule virale composée d'ADN ou ARN, capside (virus nu) et parfois enveloppe lipidique (virus enveloppé).
Virus endogèneVirus ayant infecté la lignée germinale, transmission verticale à la descendance.
Virus exogèneInfection via le placenta ou le lait maternel.
SV40Petit virus à ADN, produit les protéines t et T.
PapillomavirusPetit virus à ADN, produit E6 et E7, provoque le cancer du col de l'utérus en inhibant p53 et p105rb.
PoxviridaeGros virus à ADN, variole (éradiqué grâce au vaccin).
HerpèsGros virus à ADN, primo-infection active puis rentre en latence et se réactive dans certaines conditions (bouton d'herpès).
VaricelleGros virus à ADN, latent dans les neurones, peut se réactiver pour donner le zona.
PicornavirusPetit virus à ARN+, nombreux genres (poliomyélite, hépatite A, rhinovirus…).
IRESInternal Ribosome Entry Site, séquence spécifique de l'ARN permettant d'attirer un ribosome.
InfluenzaVirus à ARN-, provoque la grippe.
HémagglutinineProtéine utilisée par le virus influenza pour entrer dans la cellule (fusion des membranes dans l'endosome).
Dérive antigéniqueMutations dans le génome d'un virus suite à l'imprécision de l'ARN-polymérase, 3% de différence chaque année sur le virus influenza.
Saut antigéniqueRecombinaison des deux virus semblables ayant évolué chacun de leur côté, entraînant un virus très différent pouvant provoquer une pandémie.
Transcriptase inverseADN-polymérase ARN dépendante, recopie l'ARNm d'un rétrovirus en ADN double brin.
HIVRétrovirus à ARN+ enveloppé, infecte les macrophages, lymphocytes auxiliaires et cellules mémoire, s'intégrant au génome. Provoque le SIDA.
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