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Microbio 3

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cowahafu's version from 2017-01-25 02:57

Transcription traduction

Question Answer
Autre facteur sigma - conditionsquand température anormalement élevées.
Autre facteur sigma - gène, nomrpoH et se nomme sigma 32
facteur sigma 32 - reconnaitautres séquence -10 et -35
Exemple d'échange de facteur sigmalors de la sporulation pour permettre une septation asymétrique, empaquetage du génome ... Ou lors de l'apparition de flagelles dans le milieu aqueux
Exemple de régulonla réponse SO
Étapes de la sporulation1) réplication génome 2) formation du septum 3) septation asymétrique 4) intériorisation de la sporte
Régulon SOS17 gènes, distribuées sur le chromosome et contrôlés par Lex A, un répresseur commun
Lex A - régulonfait partie du régulon et donc auto régulé
Lex A - roleinhibe la transcription des gènes impliqués dans la réparation de l'ADN en se fixant sur opérateur
Étapes de l'activation du régulon SOS1) dommage de l'ADN, 2) détecté par Rec A qui se fixe à l'ADN monocaténaire qui apparait au cours de la réplication de régions ADN endommagée 3) active l'activité protéolytique de Rec a qui clive LexA. 4) le clivage de Lex A lève la répression
Rec a - Roledétecter les dommages de l'ADN
Quorum sensing - quoidialogue entre bactéries par sécrétion molécules signal quand la molécule est en quantité suffisante: réagissent en activant des gènes
Gènes régulés par le quorum sensinggènes de virulence, ou de la formation de biofilms
ALHacylhomosérine, produit par certains Gram -, diffuse à travers la membrane et se fixe sur un récepteur intracellulaire. Le complexe ALH récepteur se dimérise. Se fixe sous forme de dimères sur des séquences répétitives inverses des promoteurs pour activer certains gènes
Régulation post transcriptionnels - par des petits ARNs1) Répresseurs, petits ARN régulateurs, controle la traduction de l'ARN m. Se fixent souvent au début de ARN m et masque sa séquence Shine et Dalgarno ou le codon AUG, ce qui empêche la traduction (comme mic F contre ompF). 2) activateur, modifie la confo du promoteur, rendent plus accessible au ribosome
phosphorelays1) senseur dans la membrane interne 2) 1 protéine régulatrice recoit le signal du senseur et agit sur le génome pour réguler la transcription des gènes
Exemple de phosphorelaysrégulation de l'expression de OmpF et de OmpC
Activité de relecture de l'ADN polyméraseExonucléase 3' 5'
Mécanisme de réparationrégulon SOS
Élements mutagènes1- erreur de la polymérase 2) dommages de l'ADN par des agents mutagènes 3) transposons car s'insèrent au hasard dans le génome
Régulation de OmpC - étapes1) force osmotique du milieu augmente 2) senseur d'osmolarité Env Z dans la membrane interne 3) active le domaine kinase qui est autophosphorylé sur une histidine 4) recrute OmpR 5) le Phosphate est alors transféré depuis l'histidine de Env Z sur 1 aspartate de OmpR 6) OmpR va alors se fixer sur l'ADN à proximité des promoteurs de OmpC et OmpF (active OmpC, réprime OmpF)
Action de OmpRSe fixe sur l'ADN à proximité des promoteurs de OmpC et OmpF. Il active OmpC et réprime OmpF car OmpR active la transcription de Mic> un petit ARN qui contribue à inhiber l'expression de OmpF
Transitionremplacement d'une purine par une autre purine et d'une pyrimidine par une autre pyrimidine
Transversionremplacement d'une purine par une pyrimidine
Délétionperte de nucléotides
Addition ou insertioninsertion de nucléotides dans une séquence
Translocationdéplacement des régions D'ADN
Mutation ponctuelleaffecte un seul nucléotide
Mutations étanduesaffectent plusieurs nucléotides
Mutation faux senschange AA introduit
Mutation non sensintroduit un codons stop dans la région codante
Décalage du cadre de lecturedélétions ou addition décale le cadre
Mutations sélectionnable - exemple et protocole1) porteuse d'une mutation, comme résistance à antibio. On cultive les bactéries dans un milieu avec l'antibio. 2) un bactérie qui acquiert la capacité à synthétiser un AA: on fait croite la population sur un milieu qui n'a pas l'AA
Mutations non sélectionnables - exemple et protocole1) une bactérie qui a subi une mutation qui invalide un gène de la synthèse AA. Ne pourra pas se multiplier si le milieu pas AA. -> Criblage
Criblgeteste pour chaque bactérie de la population sa capacité à se multiplier sur un milieu contenant l'AA voulu. Ex: technique des répliques
Technique des répliques1) Ensemence des bactéries sur un milieu solide avec AA, donnent des colonies. 2) On applique un velours tendu sur la boite, qui prélève une partie de chaque colonie et on l'applique sur une deuxième boite dans la même dispo géographique de pétri qui n'a pas l'AA. 3) On aura donc les bactéries qui forment une colonie sur les boites complètes mais pas sur la boite sans AA
Bactériophagesvirus qui infectent les bactéries.
Matériel génétique des bactériophagesARN ou ADN simple ou double brin. La plupart ADN double brin
Bactériophage lambda - hoteE coli K 12
Cycle de réplication lytique - définitionse termine par la lyse de la bactérie infectée qui relargue une quantité de virions qui infectent d'autres bactéries
Lysogéniele génome du virus est intégré dans le génome de la bactérie et transmis aux cellules filles.
Phages capables de lysogéniephage tempéré
Phage lambda - structure1° une tête de symétrie icosaédrique de 55 nm 2) un génome une molécule ADN linéaire double brin
Génome phage lambda1) génome linéaire double brin, 2) 1 quarantaine de gènes rassemblés sur le génome sur base de leur fonction dans le cycle viral,3) les extrémités ont 12 nucléotides monocaténaires en extension du coté 5' complémentaires
Extrémité cohésive12 nucléotides monocaténaires en extension 5' qui permettent de circulariser le génome du phage = site cos
Cycle lytique - concernant le phage lambda1) le phage reconnait la protéine LamB à la surface de la bactérie 2) fixation du virus sur le récepteur 3) injection génome viral dans le cyto 4) le génome se curcularise par extrémités cohésives 5) ARN polymérase de l'hote transcrit les gènes viraux. 6) ARN m codent pour des protéines du cycle lytique= détournent la machinerie transcriptionnelle 7) et formations de nouveaux virions: réplication, encapsudation 8) lyse et libération des virus
Promoteurs génome viral dans la bactériePl et Pr dirigent la transcription d'opérons d'orientations divergentes
LamBune porine à maltose présente dans la membrane externe de E coli reconnue par le phage lambda
Réplication du génome virald'abord en théta puis change, est répliqué par cercles roulants: génère des concatémères
Lysogénie - étapes
Lysogénie - cycle lytique - balancedu à la présence du répresseur de lambda, codé par le gène cI et la présence de la protéine Cro (pour le cycle lytique)
Que se passe t'l quand le répresseur de lambda dominebloque toutes les fonctions du cycle lytique et active la transcription du gène Int qui permet la synthèse d'une recombinase (intégrase) qui provoque la recombinaison homologue entre une séquence de 15 pb du génome du phage (site attP) et la séquence du génome bactérien (site attB) -> permet inté du fénome phage dans le bactérien. + bloque cycle lytique d'un phage qui viendrait surinfecter la bactérie
prophagegénome du phage intégré dans le génome bactérien
Immunité au phagelorsqu'un phage a déja infecté une bactérie et que le répresseur de lambda est la: lysogénie. Bloque le cycle lytique d'un phage lambda exogène qui viendrait surinfecter la bactérie
Réactivation du cycle lytique - quandcas de stress.
Réactivation du cycle lytique - commentRec A fonction protéolytique activée, peut cliver le répresseur lambda. Quand clivé: expression protéine Xis. Xis + intégrase excise le génome viral en recombinant les 2 sites Att qui bordent le prophage (recircularise) -> cycle lytique normal
Phage M 13 - génomeune molécule ADN simple brin qu'une dizaine de gènes.
Phage M 13 - fonctionnementutilise comme récepteur le pilus de conjuguaison exprimé par certains plasmides. Introduction de son génome par le pilus. Réplication ADN double brin pour atteindre une centaine de copies. Protéines du phage. Echange le mode de réplication (répliqué ensuite sous forme de ADN simple brin) . Puis sécrét"es tout en se faisant entourer par une capside
Capside filamenteusegaine de protéines qui recouvre le brin ADN monocaténaire de M 13
Conséquence de l'infection par le phagepas meurt mais ralentit le métabo de la bactérie
Réplication du génome viral - phage M 13d'abord double brin puis simple brin
Exemple de régulation traductionnelle par petit ARNpetit ARN micF, inhibe la traduction de l'ARN m codant pour la porine OmpF.
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Transfert de l'information génétique

Question Answer
Transformationcapture de fragments adn dans le milieu extérieur
Transformation cellules eucaryotesimmortalisation des cellules et progression vers une cellule cancereuse
Transfection cellules eucaryotesintroduction d'AN dans les cellules
Transformaiton deux typesnaturelle et artificielle
Transformation naturelle - étapes1) un récepteur responsable de la liaison de l'ADN exogène 2) une nucléase qui dégrade un des brins d'ADN 3) une protéine qui transporte le brin unique vers le cyto bactérien 4) recombinaison homologie ?
Transoformation artificielle - étapesEcoli. Traitement au cacl2 rend les bactéries compétentes. Introduit acides nucléiques par électroporation.
Électroporationdécharge électrique provoque apparition de pores dans la membrane et entrée d'ADN
Transductiontransfert de fragments de génomes bactérien par les virus
Transduction généralisée étapesle phage comme P1 se réplique comme des plasmides bactériens. il arrive que suite à une erreur d'encapsidation, la capside contienne un fragment de chromosome bactérien. Quand il va infecter une bactérie, il s'intégre au génome.
Transduction généraliséeTransport d'un fragment de génome (nimporte lequel) de la bactérie par le phage. Par erreur d'encapsidation
Transduction spécialiséetransport d'un fragment de génome de la bactérie: toujours les gènes bio ou gal par erreur d'excision du prophage du génome bactérien
Transduction spécialisée - étapesle phage lambda suite erreur excision du prophage emmène un fragment chromosome bactérien voisin. (bio ou gal)
Conjugaison - machinerie1) pili assez grand 2) 2 bactéries donneuses et réceptrice
Limite de taille des pili -) conjugaisonmin 30 000 pb ADN donc que les grands plasmides
pili - conjugaison role et structureassemblage de protéines: la piline contacte entre bactérie donneuse et receveuse dans la conjugaison
Plasmides - conjugaison autonomeplasmides peuvent promouvoir leur propre transfert entre deux bactéries en contact
Conjugaison - étapes1) clivage endonucléotyque du plasmide au niveau de OriT. 2) ADN tranféré monocaténaire 3° réplication de ADN (les 2 cellules ont un plasmide)
Mobilisation de plasmides non conjugatifsutilisent la machinerie de conjugaison d'un grand plasmide conjugatif présent dans la même bactérie. Besoin un site ori T et un gène (si les machineries de conjugaison sont différentes)
Souches HfrIntégration d'un plasmide avec le chromosome bactérien. Puis conjugaison du plasmide initiée et donc conjugaison du plasmique mais aussi du chromosome bactérien. Le génome peut s'intégrer au génome de la bactérie réceptrice. par double recombinaison homologue
Souche hfr concrétementsouches susceptibles de transférer des fragments de chromosome par conjugaison.
transposonséquence ADN capable de s'insérer au hasard dans le génome de bactéries.
Trois groupes d'élements transposables bactériens1) les séquences insertion et transposons composites 2) les transposons de classe II 3) les transposons conjugatifs
Séquences insertion - tailleentre 800 et 2000 pb
Séquences insertion - structurebordées de petites séquences répétitives inverses de 15 à 30 pb. Et une phase ouverte de lecture qui code pour une transposase TnpA
Role de la transposasereconnait les séquences répétitives inverses et clive un brin ADN à chaque extrémité. Puis clive au hasard la molécule ADN cible. Puis réplication (pour que la molécule donneuse et acceptrice aient le gène)
Transposon composite1 Fragment ADN bordé de deux IS identiques. Donc la transposase codée par une des IS peut 1) promouvoir la transposition de L'IS seule 2) promouvoir la transposition du transposon entier (en reconnaisance une séqce rép de 1 IS et une séquence rép de l'autre IS)
Transposon composite - quels gènesnimporte quel gène peut être entre 2 IS et faire partie d'un transposon composite
Transposon de classe IICodent pour deux protéines nécessaires à leur transposition 1) la transposase (tnpA) 2) la résolvase (TnpR) et 3) sont bordés de séquences répétities inverses 4) autres gènes en plus (résistance antibio .. .
Transposition de classe II - étapes1) transposase clive la molécule donneuse et la molécule cible (receveuse) 2) intégration on a comme résultat, cointégrat comportant une copie du réplicon donneur et une copie du réplicon receveur joints par deux copies du transposon 3) résolvase recombinaison au niveau des sites de résolution
Résolvase - rolerésolution au niveau des sites de résolution ou res
Transposon conjugatifs de classe III - bactériesQUE GRAM +
Étapes transposon conjugatifexcision - circularisation conjugaison intégration
Transposon conjugatif - roletransposer génes direct d'un chromosome d'une bactérie vers une bactérie voisine
Le système de restriction modification système qui freine le transfert de l'info génétique, une endonucléase de restriction clive l'adn qu'une bactérie ne reconnait pas comme sienne. (car marquage de leur propre ADN par des méthylases)
Nomenclature des enzymes de restriction1) 1 lettre identifient le genre en majuscule 2) l'espèce 2 minuscules dont provient enzyme + 1 quatrème pour différencier plusieurs enzymes qui viennent de la même espèce + 1 chiffre qui complète
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