Create
Learn
Share

L'eau, PH, les AA, les techniques de séparation

rename
anahitako's version from 2016-06-18 16:08

l'eau

Question Answer
molécule eaucoudée, angle de 104°
Géomatrie de répulsion de l'eautétraédrique
Caractère ionique eau33%
Laisons H entre 2 moléculles eau1 H d'une molécule se lie à un DNL de O de l'autre molécule
Proximité du h dans les liaisons hle H est partagé entre donneur et accepteur mais plus proche du donneur
Distance entre le donneur et l'accepteur de liaison H3 A
NRJ rupture liaison H20 Kj / mol
intéraction ion - ion40 - 200 kj / mol
VDW0,4 et 4kJ / mol
hydrophobes3-10 kJ / MOL
Molécules d'eau dans la glacearrangement tétraédrique, chaque H20 est lié à 4 autres molécules H20
densité glace / r eauplus faible
Dans la glace atome o est donneur et accepteurVRAI
Température de fusion de l'eautrès important, beaucoup chauffer pour passer de S -> L (0°)
Température d'ébullition de l'eautrès important, beaucoup chauffer L -> G (100 °)
chaleur évaporarionimportante, cabable de transporter beacoup de chaleur lors de son évaporation (transpiration)
Chaleur spécifiqueélevée, capacité 1 matériau à emmagasiner de la chaleur
Liaisons h rompues lors du passage S -> L15% seulement
Structure de l'eau liquidepas de structure tétraédrique, mas réseaux de liaisons H avec des cages qui se font et se défont (dynamique)
Tension superficielle eau liquideélevée car liaisons H toujours présentes, réseaux
l'eau et les intéractions ions / ionsl'eau diminue les intéractions ions/ ions car loi de coulomn F = K x q1 x q2 / Dr2, D constante diélectrique qui est très importante pour l'eau
Constante diélectrique de l'eautrès importante
Hydratationintéractions ion - dipôle car molécule eau (dipole) avec ions
Hydratation - NRJexothermique
dissolution - 2 étapes1) firmation 1 gaz d'ions à partir d'un solide = enthalpie réticulaire, endothermique 2) hydratation, enthalpie d'hydratation= exothermique.
enthalpie de dissolution nrjpeut être exo ou endothermique selon la répartition enthalpie lenticulaire, et d'hydratation
Intéractions qui stabilisent les micellesintéractions hydrophobes
Conformation des molécules apolaires en milieu polaireintéractions hydrophobes, forment des micelles ou se rassemblent: spontané
memorize

LE PH

Question Answer
réaction AB de bicarbonateHC03- + H20 -> H30+ + C032-
Réaction AB de l'acide carboniqueH2 CO3 + H20 -> H30+ + HCO3-
HCO3-hydrogéno carbonate ou bicarbonate
CO32-Ions carbonates
H2CO3acide carbonique
comment éliminer les ions carbonates ?avec du calcium= carbonate de calcium
produit ionique de l'eauKE= ⎡H30+⎤ X ⎡oh-⎤ = 10^-14
eau neutre concentrations⎡H30+⎤ = ⎡oh-⎤= 10^-7
solution acide⎡H30+⎤ > ⎡oh-⎤(mais Ke toujours égal à 10^-14)
solution basique⎡H30+⎤ <⎡oh-⎤ (mais Ke toujours égal à 10^-14)
ph + pohpKe = 14
plus acide est fortplus ka est élevé, plus pka est faible, plus il se dissocie
plus base est forteplus kb élevé, plus pkb est faible,
Ka x Kb = Ke
pka + pkbpke = 14
ph= pka + log (A-) / (AH) (si A- = AH ph = pka)
point de demi titrationconcentration base = concentration acide, ph = pka
mélange tamponconcentration AH = concentration A-capable d'amortir l'acidité / basicit" dans une zone de ph +/- 1 autour du pka de l'acide
bon pouvoit tampon1 zone de pH +/- 1 unité de pka de l'acide
memorize

Les acides aminés

Question Answer
Autre nom des AAalpha amino acides car un groupe amine sur le carbone en alpha + groupe acide sur le carbone en alpha
La plupart des AA- amine secondaire ?non amine primaire, sauf la proline
nombre d'AA polaires et chargés5
Nom des AA polaires et chargés1) Acide aspartique 2) acide glutamique 3) lysine 4) histidine 5) arginine
Nombre d'AA polaires non chargés6
Nom des AA polaires et non chargés1) Asparagine 2) glutamine 3) tyrosine 4) sérine 5) thréonine 6) cystéine
Nombre d'AA non polaires9
Valeur aproximative de pk12
valeur approximative de pk29
amphotèreAA est un amphotère, peut se conduire comme un acide ou comme une base
Zwiterrionune molécule qui a une charge nette de 0, due à la compensation de ses charges
liaison peptidiquecondensation , libération molécule eau = liaison amide
taille d'une protéine environentre 40 et 4000 résidus
Masse moyenne un AA115 da
diversité des protéineson trouve dans la nature q'une infime fraction du nombre de combinaisons possibles
méthionine - nom de la structure de sa chaine latéralethioether
Asparagine ) glutamine - nom de la structure sur leur chaine latéraleamide
Tyrosine - nom de la structure de sa chaine latéralephénul
Cystéine - nom de la structure de sa chaine latéralethiol
Pipoint isoléctrique, PH auquel la molécule n'a aucune charge nette
Courbe de tritration des PROTÉINEStrès complexe, n'est pas le reflet des pk individuels car la structure 3D peut modifier le pk de qqs groupe ionisable (shift)
Nomenclature AA - commencement findébut N term -> C term
les acides aminés optiquement actifs19 des 20 <(pas la glycine)
Molécules optiquement actives - caractéristiquespas superposables à leur image dans le miroir: carbone Chiral
Classes des groupes optiquement actifsD et L
les AA d ou LL
une molécule à n centre chiraux a ... stéréoisomères différents2^n
conformation d et l des AAregarder NH3+
hydroxylation3 hydroxylysine (histones) et 4-hydroxyproline (collagène)
Méthylationtriméthyllysine (sur l'amine), 3méthylhistidine,
Acétylationacétyl lysine (expression des gènes) et acétyl sérine
phosphorylationOphosphosérine
formyl méthionineinitiation synthèse proc
memorize

Les techniques de séparation

Question Answer
Isoenzymevariante d'une même enzyme dans différentes tissus par exemple
exemple d'isoenzymesglucokinase, hexokinase
Surexprimer la protéineclonage, représent ... 30% des protéines totales
Lyselyse osomotiqe, met la cellule dans un milieu hypotonique, l'eau va renrer dans la cellule qui va exploser
Ajout souvent lors de la lysedétergent
Lyse des cellules avec paroi cellulaieimpossible, utiliser lyzozyme ((enzyme qui digère la paroi) -> puis met dans un milieu hypotonique rupture de la membrane
Lyse des cellules par traitement mécanique1) broyage avec du sable 2) presse de French 3) homogénéiseur 4) ultrsons = sonicateur
Force ioniqueconcentration en sel
Salting inles protéines à faible force ionique (faible concentration de sel), ont une plus grande solubilité quand on augmente la concentration en sel
Salting outles protéines à forte force ionique, la solubilité diminue = précipitation saline = tellement ions sels qui sont ajoutés que pas assez de solvant pour tout solubiliser = intéraction soluté soluté > soluté solvant
Précipitation saline - utilisationsouvent la première étape de purification, purifier et concentrer une grande quantité de la protéines
Sel le plus souvent utilisé pour la précipitation saline(NH4)2SO4
Quantité de sulfate d'ammonium - taille des protéinesfaut plus de sulfate d'ammonium pour précipiter une petite molécule: les petites précipirent après
memorize

 

Question Answer
Conserver les protéines1) controle du PH avec tampon exctraction (hpo42-) = (H2PO4-) 2) milieu isotonique 0,25 M de sucrose, et 0,15 M NACL 3) 2 mercapto éthanol= pas pont SS 4) bactéricide: Nan3 5) chélateur de métaux lourds EDTA 6 ) inhibiteur de protéases
memorize

 

Question Answer
Dosage spectrophotométriqueenzyme qui catalyse une réaction dont le produit a des propriétés d'absorption
Dosage fluo / radiomarque ATP par exemple par un radio ou fluo
IHC, ELISAla protéine, réagit avec AC Ire, qui réagit avec ACIIre, couplé à une enzyme, met son substrat> produit coloré (peroxydase)
memorize

 

Question Answer
Séparation par le PHsolubilité au minimum quand PH = Pi donc = précipitation isoéléctrique puis augmente quand le PH s'éloigne du pI
Utilisation de la précipitation isoélectriquesouvent couplée au salting in
memorize

 

Question Answer
Chromatographie
Phase mobileprotéine en solution
Phase stationnairela résine de la colonne
memorize

 

Question Answer
Chromatographie échangeuse d'ionsla force qui les retient est une force ionique
CarboxyméthylCH3 - COO- = CHARGÉ -
diethylamino éthyl-CH2-CH2-N+(CH2-CH3)2 = CHARGÉ +
Échangeuse d'anionsfixe des protéines -, colonne +
Échangeuse de cationsfixe des protéines + , colonne -
Matrice chromatocellulose ou on fixe DEAE soit CM
Charge de la protéine fonction PI et pH1) Si PH<PI, protéine est + 2) SI ph> PI protéine -
Comment récupérer la protéine après chromatoaugmente la concentration en sel
Que choisir avant la chromatographieadapter PH et concentration saline pour que la protéine se fixe
memorize

 

Question Answer
Filtration sur gel - constituantsgel dextran, agarose ou polyacrylamide
Filtration sur gel - qu'est ce qui les discriminetaille et forme, les plus petites sortent les dernières
Lien entre volume élution et masserelation linéaire entre le volume élution, et le LOGARITHME de sa masse
Filtration sur gel - synonymestamisage moléculaire, chromatographie d'exclusion
memorize

 

Question Answer
Dialyse - principemembrane semi perméable ne laisse passer que certaines molécules
memorize

 

Question Answer
Chromatographie d'affinitéligand est fixé à la matrice. Quand la solution, la protéine reste accroché à la matrice.
Récupère la protéine1) solution saline + 2) une solution avec des ligants plus fort
Exemplenucléase de staphylocoque (lié par covalence à de l'agarose activé par le CNBr)
memorize

 

Question Answer
chromatographie en phase inverse RPCFixe des groupes non polaires à la matrice, et les protéines sont dénaturées: leurs groupes hydrophobes sont exposés, donc se lient à la colonne: intéractions hydrophobes
Élution en RPCavec une phase mobile non polaire
HPLCchromatographie liquide à haute performance, dénature
memorize

 

Question Answer
Électrophorèse sur gel-composition du gelgel polyacrylamide ou agarose
PAGEélectrophorèse sur gel de polyacrylamide (pas dénaturant)
SDS pageélectrophorèse sur gel de polyacrylamide + SDS (détergent, d"naturaznt)
SDSmolécule chargée -, se lie aux molécules = confère une forme de batonnet, et une charge -
comment les protéines sortent électrophorèse SDS pageles plus petites avant
Cb de SDSenviron un molécule de SDS pour 2 résidus AA
memorize
relation LOGARI entre le log de la masse d'une protéine et sa mobilité électrophorétique dans le SDSpage
Question Answer
comment les molécules sont discriminéesmasse moléculaire les plus petites sortent avant on met cathode et anode, donc toutes les molécules vont migrer vers l'anode mais a des vitesses différentes
memorize

 

Question Answer
Western blotaprès électrophorèse, on met dans 1 membrane de nitrocellulose -> réplique sur la membrane -> AC Ire; qui reconnait la prot
memorize

 

Question Answer
Focalisation isoéléctriquematrice avec cathode et anode, ou le pH augmente lentement de l'anode vers la cathode et chaque prot migre .. pI
Électrophorèse en 2Dfocalisation isoéléctrique puis SDS page
Comment obtenir gradient de pHon mélange des oligomères de faible masse (300-600 Da) portant des groupes amino et carboxyliques aliphatiques de pKa différents (ampholytes)
memorize

 

Question Answer
Ultracentrifugationla masse d'une molécule peut être calculée avec son coefficient de sédimentation
Ultracentrifugation zonalesuspension protéique au dessus d'une gradient de densité
memorize

 

séparation en tant que tel, surtout faire des chromatographie, électrophorèse surtout pour vérifier la pureté

 

Question Answer
Séparation par solubilitésalting in, salting out
Séparation par affinité ligandchromatographie d'affinité
Séparation par charges ioniqueséchangeuse d'ions, électrophorèse, focalisation isoéléctrique
Séparation par polaritéchromato phase inverse
Les technique dénaturantesSDS page, HPLC, rpc
memorize