Create
Learn
Share

Le cycle de Krebs

rename
baharicot's version from 2017-01-16 11:40

En amont du cycle de Krebs

 

Question Answer
Entrée du pyruvate dans la mitochondrie - membrane externeporines
Entrée du pyruvate dans la mitochondrie - membrane internepyruvate translocase = symport pyruvate + H+
Rôle du complexe de la pyruvate déshydrogénasecatalyse la réaction d'oxydation du pyruvate en acétyl-CoA
Co-facteurs du complexe de la pyruvate déshydrogénase (réaction globale) ?coenzyme A(HS-CoA), et NAD+
Constituants du complexe de la pyruvate déshydrogénasepyruvate déshydrogénase, dihydrolipoamide acétyltransférase, dihydrolipoamide déshydrogénase
Taille du complexe de la pyruvate déshydrogénase chez E. Coli ?5 millions de daltons
Taille du complexe de la pyruvate déshydrogénase chez les mammifères ?9 millions de daltons
Les 3 constituants du complexe de la pyruvate déshydrogénase s'arrangent comment ?de façon contrôlée et coordonnée, de manière à former un cube
Co-enzyme de E1TPP
Co-enzymes de E2acide lipoique et coenzyme A
Co-enzyme de E3FAD et NAD+
Caractéristiques du coenzyme A - citer(1) grande et polaire ;
(2) thiol ;
(3) peut être estérifié avec différents acyles
Rôle du coenzyme Atransporteur de groupements acétyles
Liaison thio-ester du coenzyme A est ...riche en énergie
E1 catalyse quoi ?réaction de décarboxylation du pyruvate par le TPP, donnant le HETPP
Réaction catalysée par E1 - détails du mécanismeTPP perd un proton et forme un carbanion (1) ;
attaque pyruvate sur son carbonyle (2) ;
intermédiaire (3) ;
libération CO2 (4) ;
formation hydroxyéthyl-TPP-E1
Réaction2 catalysée par E2 - détails du mécanismeAttaque du carbanion de HETPP-E1 sur le S du E2 (1) ; Formation d'une liaison thioesther avec perte d'un proton (2) ; régénération TPP-E1 + formation acétyl-dihydrolipoamide-E2 après l'oxydation du carbanion en acétyl (3)l
Réaction3 catalysée par E2 - détails du mécanismeAttaque du souffre du coenzyme A sur le carbone de la liaison thio-ester (1) ; formation d'acétyl-CoA + réduction du lipoamide avec deux thiols en Dihydrolipoamide-E2
Réaction4 catalysée par E3 - détails du mécanismeE3 oxydé + E2 réduit -> E3 réduit + E2 oxydé (pont disulfure restauré)
Réaction5 catalysée par E3 - détails du mécanismeré-oxydation de E3 par le NAD+ (1) ; régénération de E3 + NADH + H+ (2)
Pourquoi l'arsenite est-t-il toxique ?empêche la régénération de E2 en formant un intermédiaire covalent -> bloque le cycle de Krebs
memorize

Le cycle de Krebs

 

Question Answer
Citer les 5 premières enzymes du cycle de Krebs par ordre chronologiquecitrate synthase, aconitase, isocitrate déshydrogénase, complexe de l'alpha céto glutarate déshydrogénase ; succinyl-CoA synthétase,
Citer les 3 dernières enzymes du cycle de Krebs par ordre chronologiqueComplexe de la succinate déshydrogénase, Fumarase, malate déshydrogénase
(1) Réaction catalysée par la citrate synthase ?condensation (catalyse acide-base) de l'acétyl-CoA et de l'oxaloacétate en citrate, avec ajout de H2O et libération de CoA
(1) quelle est l'étape limitante ?la formation de l'énolate
(1) grâce à quelle énergie la condensation peut-elle avoir lieu ?grâce à l'énergie de l'hydrolyse de la liaison thio-ester de l'acétyl-CoA
(2) Réaction catalysée par l'aconitase (globalement) ?conversion du citrate (prochiral) en isocitrate (chiral) avec ajout et libération d'une moélcule d'eau
(2) inhibiteur de l'aconitase ?fluorocitrate
(2) pourquoi passe-t-on d'un alcool tertiaire à un alcool secondaire ?car les alcools secondaires sont plus faciles à oxyder
(2) co-facteur de la réactioncluster Fer-souffre
(3) Réaction catalysée par l'isocitrate déshydrogénase ?transfert d'hydrure sur le NAD+ et décarboxylation de l'oxalosuccinate
(3) co-facteursNAD+, manganèse
(3) Réaction irréversible ou réversible ?irréversible
(4) Réaction catalysée par l'alpha céto glutarate déhsydrogénase ?oxydation et décarboxylation de l'alpha céto glutarate en succinyl CoA
(4) Réaction irréversible ou réversible ?irréversible
(4) Citer les constituants du complexe pluri-enzymatique de l'alpha céto glutarate déshydrogénasedécarboxylase contenant du TPP, dihydrolipoamide succinyltransférase, dihydrolipoamide déshydrogénase
(4) cofacteursNAD, HS-CoA
(5) Réaction catalysée par la succinyl CoA syntéthase (globalement) ?extraction de liaison S-CoA et formation du succinate
(5) co-facteursGDP + Pi
(5) utilité de la liaison Succinyl-CoA ?liaison thioesther de haute énergie (plus que la synthèse d'ATP!)
(5) détails du mécanisme(1) Transfert du succinyl sur Pi
(2) Transfert du phosphoryl sur Enzyme-His
(3) Transfert du phosphoryl sur GDP
(6) Réaction catalysée par la succinyl déshydrogénase ?oxydation du succinate en fumarate
(6) succinate déshydrogénase - située où dans la mitochondrie ?enzyme membranaire située dans la membrane interne de la mitochondrie
(6) réaction irréversible ou réversible ?irréversible
(6) caractéristiques de l'enzymeprésente un groupe prosthétique FAD lié par covalence, et fait partie de la chaîne respiratoire
(6) inhibiteur de l'enzyme ? quel type d'inhibition ?malonate, inhibition compétitive (malonate = analogue de substrat avec un carbone en moins)
(6) co-facteurFADH2
(7) Réaction catalysée par la fumarase ?hydrolyse du fumarate (prochiral) en L-malate (chiral), avec ajout d'eau
(7) 2 caractéristiques de cette réactionréaction réversible et stéréospécifique
(8) Réaction catalysée par la malate déshydrogénase ?condensation du L-malate en oxaloacétate
(8) co-facteurNAD
memorize

Contrôle, Rôles et Bilan du cycle de Krebs

Question Answer
Régulation des composants E2 et E3 du complexe de la pyruvate déshydrogénase via?inhibition compétitive par le produit (par ex: inhibition de l'HETPP par le TPP --> E2 demeure acétylé, incapable d'accepter le TPP de E1)
Régulation de l'élément E1 de la pyruvate déshydrogénase via ?phosphorylation de la sérine de E1
La phosphorylation de la sérine de E1 ... la PDHdésactive
Activateurs de E1 ? citer (5)- ADP,
- Calcium,
- Mg en gde quantité,
- K+,
- pyruvate déshydrogénase phosphatase
Inhibiteurs de E1 ? citer (3)pyruvate déshydrogénase kinase, acétyl-CoA, NADH
Citer toutes les régulations possibles (5) du cycle de Krebs, et éventuellement des exemples(1) disponibilité des substrats: l'activité de la citrate synthase dépend de la concentration en oxaloacétate et acétyl-CoA;
(2) inhibition par les produits ;
(3) inhibition compétitive par des intermédiaires provenant de réactions en aval;
(4) régulation allostérique: isocitrate déshydrogénase régulée allostériquement par l'ADP qui augmente son affinité pour l'isocitrate;
(5) régulation par feed-back négatif du NADH sur les trois déshydrogénases à NAD
Rôles du cycle de Krebs - citer (4)(1) oxydation de l'acétyl-CoA,
(2) plaque tournante du métabolisme:
(3) point de départ de nombreuses synthèses,
(4) point de convergence de voies de dégradation
Quelles molécules peuvent être synthétisées à partir du cycle de Krebs ?acides aminés, gluconéogenèse, acides gras, cholestérol, porphyrines,
Quelles molécules peuvent être dégradées à partir du cycle de Krebs ?acides aminés, acides gras à nombre impair de carbones
Qu'est ce qu'une réaction anaplérotique ?c'est une réaction permettant d'augmenter la quantité totale d'intermédiaires du cycle
Equation globale du cycle de Krebs ?Acétyl CoA + 3 NAD + Q + GDP (ou ADP) + Pi + 2 H2O -> CoASH + 3 NADH + QH2 + GTP (ou ATP) + 2 CO2 + 2 H+
Lors du catabolisme d'une molécule de glucose, combien y a t-il de molécules d'ATP synthétisées?38 ATP par molécule de glucose
memorize