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BIOMOL REVISION DEMOULIN

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baharicot's version from 2016-06-22 16:15

GÉNÉRALITÉS

Question Answer
Adénine - tautomère amine ou imine le plus stable ?amine
Guanine - tautomère énol ou céto le plus stable ?céto
Urate - produit de dégradation de ...de l'acide urique
Acide urique - produit de dégradation de ...de A et G
Uracile - forme énol ou céto le plus stable ?céto
ADN - type d'hélicedouble hélice de pas à droite
ADN - n10.4 nucléotides par tour d'hélice
ADN - pas3.4 nm
ADN - Torsions T - définition (3)structure secondaire, = nombre de tours/torsions autour de l'axe = pb/10.4
ADN - Supertorsions W - définition (3)structure tertiraire, = nombre de torsions autour d'un tour, (+) si à D, (-) si à G
ADN - Enlacements L - définition (4)pour ADN circulaire seulement ; L = W + T ; = nombre de fois qu'un brin tourne autour de l'autre ; pas constant si on casse un brin
ADN - combien de tours autour d'un nucléosome1.65 tours
ADN - taille génome bactéries4000 kb = 4 000 000 pb
ADN - taille génome humain3 Gb = 3 000 000 000 pb
ADN - taille génome humain p/r bactéries750 fois plus grand que bactérie
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TRANSCRIPTION

Question Answer
Facteurs de transcription - domainesdomaine de fixation (reconnaissance séq), domaine transactivateur/répresseur (ARNpoly), + éventuels domaines régulateurs
Histones - nombre de charges à pH neutre et valeur pI17 charges +, pI = 11.5
ADN - taille génome humain dans une seule cellule3.2 milliard de paires de bases dans une cell. germinale/haploide; soit 6.4 milliard de pb pour cell. somatique/diploïde
Génome eucaryote - % de séquences conservées et régulatrices ?9%
Génome eucaryote - % de séquences uniques ?41 %
Génome eucaryote - % de séquences répétitives et autres ?50 %
Génome eucaryote - nbre de gènes répertoriés parmi exons et séquences conservées + régulatrices 30 000, dont 20 000 codants et 10 000 non codants
Génome mitochondrial code pour ?2 ARNr mitochondriaux + 22 ARN-t mitochondriaux + 13 ARNm (toutes pr des protéines) mitochondriaux
Gènes orthologues - définition (5) protéines et gènes d'organismes différents, divergence des espèces, même fonction, homologie de séquences, conservé durant l'évolution
Gènes orthologues - exemples (2) cytochrome C et histones
Gènes paralogues - définition (4)protéines homologues d'un même organisme, famille de gènes dans une même espèce, même fonction, homologue de séquence
Gènes paralogues - exemples (2)Hémoglobine (9 paralogues de famille globine avec alpha, beta, gamma, etc) ; Actine (11 paralogues, cytosquelette)
Pseudogènes - définitiongènes de séquences homologues, non-codants, reliquats de l'évolution, issus de gènes paralogues mais mutés par la suite
Histones synthétisés quand ?durant la phase S de la réplication de l'ADN
Boucle télomérique - définitionextension monocaténaire 3' (20 à 200nt avec séq répétitive TTAGGG) du télomère, qui s'enroule sur l'ADN
CpG entre les gènes - fréquence + méthylation ou pas?1% chez l'homme, tjrs méthylés
CpG dans îlot - fréquence + méthylation ou pas ?près de ~50% des gènes, souvent pas méthylé
Action des MBP ?prennent la place des FT sur les promoteurs ou les enhancers, compactent la chromatine
Méthylation - a lieu quand ?Embryogenèse, stade tardif
Déméthylation - a lieu quand et chez qui ?Gamétogenèse, uniquement chez le parent qui méthyle pas le gène sur son ovule/spermatozoide
Méthylation catalysée par _________ et son co-facteur _________, qui ont pour rôle _________DNMT, co-facteur (donneur de méthyl) S-adénosyl-méthionine, conservation de la méthylation lors de la mitose
Déméthylation catalysée par _________Oxydoréductase
ARN polymérase I pour ... ?ARN ribosomiaux (5.8 S, 18 S et 28 S)
ARN polymérase II pour ... ?ARN messagers et micro-ARN
ARN polymérase III pour ... ?petits ARN comme ARN de transfert, petits ARN nucléaires et ARN ribosomial 5 S
ARN les plus abondants dans la cellule ?ARNr et ARNt
Rôles de la coiffe de 7 méthyl GTP ?empêche la dégradation de l'ARNm par des exonucléases, permet l'exportation des ARNm hors noyau, rôle dans l'initiation de la traduction
Citer toutes les sortes d'épissage alternatifExclusion d'un exon ; Exons mutuellement exclusifs ; Site donneur alternatif ; Site accepteur alternatif ; Maintien d'un intron ; Promoteurs alternatifs
Introns - caractéristiques vite oubliéessont absents dans les gènes mitochondriaux ; sont parfois très longs et dépassent la taille des exons ; (n) introns = (n-1) introns
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TRADUCTION

Question Answer
Fabrication des ribosomes eucaryotes - décrire mécanisme1.Fabrication des ARNm dans noyau ;
2. ARNm hors noyau, vers les ribosomes du cytosol qui les synthétisent en protéines ribosomiales ;
3.ARNr fabriqués dans le nucléole ;
4. protéines ribosomiales rentrent dans nucléole et s'assemblent avec ARNr -> formation G & P SU ribosome ;
5.SU exportés dans cytosol pour lire futurs ARNm
Macrolides - rôlebloque translocation ARNt pdt élongation
Chloramphénicol - rôlebloque transpeptidation des ARNt pdt élongation
Tétracycline - rôlebloque fixation des ARNt sur ribosome
PT de type IDomaine extracell N-term ; Domaine intracell C-term ; le seul avec peptide signal
PT de type IIDomaine extracell C-term ; Domaine intracell N-term
PT de type IIIDomaine extracellulaire (souvent absent) N-term ; Domaine intracell C-term
PT de type IVDomaine extracellulaire N-term ; Domaine intracelle C-term, plusieurs domaines transmembranaires
ARN-t composé de ____ nucléotides~ 76
Ribosome bactérien composé de ___ % d'ARN et de ___ % de protéines66% ; 34%
Ribosome bactérien: masse d'environ ___ kD2500
Ribosome eucaryote composé de ___ % d'ARN et de ___ % de protéines60% ; 40%
Ribosome eucaryote: masse d'environ ___ kD4200
Ribosome mitochondrial composé de ___% d'ARN et de ___% de protéines30% ; 70%
Ribosome mitochondrial composé de ___ protéines13
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MICRO ARN

Question Answer
Voie de synthèse d'un micro-ARN - enzymes impliquéesDrosha, Exportine 5, Dicer
Synthèse d'un micro-ARN - mécanisme (7)1. ARN poly II synthétise pri-miRNA
2. Drosha clive pri-miRNA en pré-miRNA
3. Exportine 5 fait sortit pré-miRNA du noyau
4. Dicer clive pré-miRNA en miRNA double brin
5. miRNA double brin -> monocaténaire.
6. miRNA monocaténaire intégré dans RISC qui l'hybride à l'ARNm
7. Inhibition traduction et/ou clivage (dégradation) de l'ARNm
Structure pri-miRNAplusieurs épingles à cheveux avec queue poly A
Structure pré-miRNAune seule épingle à cheveux
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MODIFICATIONS POST TRADUCTIONNELLES

Acides aminés concernés

cliquez aussi sur switch column pour l'avoir dans l'autre sens :)

Question Answer
cystéineoxydation / acylation / prénylation / farnesylation / (poly)-adp-ribosylation
sérine et thréoninephosphorylation / o-glycosylation
tyrosine, thréonine, sérinephosphorylation
asparaginen-glycosylation
glycineacylation
n'importe quel a.aphosphatidyl inositolation / hydrolyse
proline et lysinehydroxylation
lysinehydroxylation / (poly)-adp-ribosylation / Ubiquitinylation / acétylation / méthylation
arginine(poly)-adp-ribosylation / méthylation
acide glutamique,
acide aspartique,
arginine,
lysine,
cystéine
(poly)-adp-ribosylation
acide aspartique,
acide glutamique
(poly)-adp-ribosylation
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Les enzymes concernées

Question Answer
oxydoréductaseoxydation
protéine kinase et protéine phosphatasephosphorylation
glycosyl-transferaseglycosylation
farnesyl-protéine-transférasefarnesylation
prolyl-hydroxylase et co-facteur vitamine Chydroxylation
poly-adp-ribose-polymérase et co-facteur NADpoly-adp-ribosylation
ubiquitine ligaseUbiquitinylation
acétyl-transférase et co-facteur acétyl-coA, déacétylaseacétylation
méthyl-transférase et déméthylaseméthylation
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Description de la MPT

Question Answer
oxydationoxydation de 2 thiols, perte de 2e- et de 2H+, formation de ponts disulfures intra et intercaténaires
phosphorylationajout d'un phosphate sur un groupement hydroxyle, réaction réversible, sur S/T/Y
o-glycosylationajout de sucres simples ou complexes sur oxygène de S/T
n-glycosylationajout de sucres simples ou complexes sur l'azote de N
acylationajout acides myristique ou palmitique sur Gly n-terminale ou sur C (n'importe où)
farnesylationajout farnésyl sur soufre S d'une Cys c-terminale (C-a-a-X)
prénylationajout de lipides dérivés de l’isoprène (farnésyl-pyrophosphate/géranylgéranyl-pyrophosphate) sur soufre S d'une Cys c-terminale (C-a-a-x)
hydroxylationajout de OH sur C3' ou C4' proline, ou sur C5' lysine
adp-ribosylationajout d'adp ribosyl sur R,K,E,D,C via NAD (co-enzyme), + polymérisation éventuelle
ubiquitinylationajout d'une ubiquitine par son C-term sur NH3+ d'une lysine, lien isopeptidique
poly-Ubiquitinylationajout ubiquitine sur NH de la Lys48 de l'ubiquitine, polymérisation
acétylationajout acétyl (COCH3) sur NH3+ (amine) d'une lysine, qui devient NH (amide)
méthylationajout de CH3 sur Lys/Arg (max 3 CH3 sur NH3+ d'une Lys)
phosphatidyl inositolation ajout d'un glycosylphosphatidyl-inositol (GPI) sur n'importe quel a.a C-terminal
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Rôle + lieu de chaque MPT

Question Answer
oxydationréticulum endoplasmique, domaine extracellulaire prot.transmembr, prot.extracell. -> Stabilité conformationnelle
phosphorylationsur C-terminale de l'ARN poly II (lui permet de quitter le site d'initiation de la transcription), sur histones (modulat° chromatine), sur voie de transduction du signal (MAP kinase)
o-glycosylationdifférenciation groupes sanguins ABO (= sucres liés aux GR), n'importe où dans la cellule
n-glycosylationformation de glycoprotéines + glycocalyx, pour les protéines sécrétées + domaine extracell. prot.transmembr. -> Protection + longévité cellule
acylationformation de lipoprotéines ancrées du côté intracellulaire d'une membrane plasmique
prénylation + farnésylationformation de lipoprotéines ancrées du côté intracellulaire d'une membrane plasmique
phosphatidyl-inositolationformation de lipoprotéines ancrées du côté extracellulaire d'une membrane plasmique
hydrolysedans enzymes digestives, collagène, hormones (insuline), dans terminaison de la traduction (hydrolyse du lien ester C-terminal de l'ARNt)
hydroxylationformation des 3 ou 4 hydroxyprolines + 5 hydroxylysine du collagène, dans réticulum endoplasmique
(poly)-adp-ribosylationmodificat° de la fonction de la protéine, et dans la diphtérie -> modificat° facteur d'élongation eEF 2 -> blocage traduction, apoptose cellules
polyubiquitinylationsignal de reconnaissance du protéasome -> peptides à éliminer
acétylationfavorise la transcription car décompacte l'ADN (perte de charge de Lys) + empêche Ubiquitinylation de la Lys
méthylationsur histones (modulat° chromatine) -> effet + ou - dépend du nbre de CH3 et du rôle de la Lys modifiée
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Facteurs déterminant la spécificité des MPT

Question Answer
Citer les facteurs de spécificité des MPTNature de l'a.a cible ;
Accessibilité à l'enzyme ;
Contexte ;
Interaction de la protéine cible avec l'enzyme ;
Localisation intracellulaire de la cible et de l'enzyme ;
Régulation de l'activité de l'enzyme
Voie de transduction du signal - mécanismeRécepteur tyrosine-kinase -> Facteur de croissance
GRB2 + SOS -> RAS GDP -> RAS GTP
cascade de phosphorylation (RAF, MEK, ERK)
Activation FT -> Prolifération cellulaire
Imatinib inhiberécepteur tyrosine kinase
RAS muté induit25% de cas de mélanomes
RAF muté induit45% de cas de mélanomes
vemurafenib inhibeRAF
Traduction liée aux ressources - mécanismeEffort musculaire intense -> hypoxie
ATP -> ADP -> AMP
fixation sur AMPK, qui va s'activer
activation eEF2K par phosphorylation
désactivation de eEF2 par phosphorylation -> Arrêt de la traduction
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