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Biochimie pathologique

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jsl83's version from 2016-06-13 06:52

Régulations

Le signe "/" ne veut pas dire qu'il n'y a pas de régulation (il y en a toujours), mais qu'il n'en est pas fait spécifiquement mention dans le cours !

EnzymeActivationInhibition
PDHActivation par déphosphoration par la PDH-phosphatase, sensible au Ca2+.Inhibition allostérique par NADH et acétyl-CoA. Inhibition covalente par phosphorylation via la PDH-kinase, elle-même régulée par les substrats de la PDH (activation par ATP, NADH et acétyl-CoA ; inhibition par pyruvate, CoA, NAD+).
GlucokinaseSe trouve dans le noyau associée à la protéine régulatrice (R), dissociation par le FRU-1-P./
PFK-1Activation par AMP ; F-6-P ; F-2,6-BP (= activateur le plus puissant !!).Inhibition par ATP, citrate.
PKActivation par l'insuline qui augmente son expression via SREBP et ChREBP.Inhibition par phosphorylation par la PKA (glucagon).
Effet des acides gras sur la glycolyse/Inhibition de GLUT4 (via le citrate) < inhibition de la PFK-1 (via le citrate) < inhibition de la PDH (via l'acétyl-CoA, effet puissant).
GLU-6-PaseStimulation par expression du gène via CREBP (glucagon) et via la concentration en substrat (km > [GLU-6-P]i)./
FRU-1,6-BPase/Inhibée par le FRU-2,6-BP et l'AMP.
Pyruvate carboxylaseStimulée par acétyl-CoA (issue de l'oxydation des acides gras)./
PEPCKStimulée par expression du gène via CREBP (glucagon)./
PFK-2Stimulation par la phosphoprotéine phosphatase (présence de FRU-6-P), favorisant la forme déphosphorylée (PFK-2).Inhibition par la PKA (glucagon), favorisant la forme phosphorylée (FBPase-2). Inhibée par TIGAR (< p53, implication dans certains cancers).
Glycogène phosphorylaseActivation par AMP (allostérie) et phosphorylase kinase (donne la forme R).Inhibition par le glucose et le FRU-1-P (allostérie) et phosphorylase phosphatase (donne la forme T).
Glycogène synthaseActivation par protéine phosphatase (PP1).Inactivation par PKA.
Phosphorylase kinaseActivation par la PKA (sous-unité beta) et le Ca2+ (sous-unité delta)./
Cycle des pentoses phosphatesPartie oxidative, régulation par le NADPH ; partie non-oxydative proche de l'équilibre.Idem dans l'autre sens.
CPT-1/Inhibition par le malonyl-CoA.
ACCActivation par polymérisation des dimères via le citrate et par déphosphorylation (protéine phosphatase < insuline). Expression du gène via SREBP.Inhibition par dépolymérisation en dimères via les acyl-CoA et phosphorylation (PKA, AMPK < glucagon et adrénaline).
LHSActivation par phosphorylation (PKA < adrénaline ou glucagon).Inhibition par déphosphorylation (phosphatase < insuline).
Corps cétoniquesRégulation extra-hépatique par la production d'acides gras (LHS) ; régulation hépatique par inhibition de l'ACC, ce qui augmente la quantité d'acétyl-CoA disponible, et par expression du gène de l'HMG-CoA synthase (glucagon, facteur CREBP)./
Synthèse des prostaglandines/Inhibition par cortisol (AIS, inhibe A2 et COX 2), aspirine & co (AINS, inhibe COX 1 et 2), célécoxib (AINS, inhibe COX 2).
HMG-CoA réductaseStimulation par déphosphorylation et SREBP (< insuline).Inhibition par phosphorylation (AMPK), glucagon, cholestérol (via inhibition de SREPB) et statines (inhibition compétitive).
Acide choliqueStimulation de la synthèse au niveau de la 7-HOase via le cholestérol.Inhibition de la synthèse au niveau de la 7-HOase via le cholate.
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Valeurs

Question Answer
HbA1CHémoglobine liée au glucose. 3 à 5 % chez l'adulte, pathologique si > 8 % (diabétiques).
Principaux stocks de fer70-75 % dans l'hémoglobine, 15 % dans la ferritine.
Bilirubine plasmatique0,5 mg/dl ; pathologique si > 3 mg/dl.
Bilirubine ictère physiologique du nouveau-né10 mg/dl.
Bilirubine maladie de Gilbert1 à 6 mg/dl.
Bilirubine maladie de Crigler-Najjar20 à 45 mg/dl.
Concentration des protéines plasmatiques40 g/l (soit 200 à 240 g au total) dont 60 % d'albumine.
Taux de renouvellement des protéines plasmatiques16 g/jour, soit une demi-vie moyenne d'environ 10 jours.
Km hexokinases 1-3< 0,1 mM glucose.
Km glucokinaseEnviron 8 mM glucose.
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Synthèse de protéines

Question Answer
TBPTATA-box Binding Protein, protéine se liant à la boîte TATA et recrutant les facteurs généraux de la transcription.
FGTFacteurs Généraux de la Transcription, ensemble de protéines recrutant l'adn-polymérase II.
Séquence KozakSéquence de nucléotides contenant le codon AUG (= AA méthionine), initiant la traduction.
DroshaEnzyme nucléaire clivant le pri-miARN en pro-miARN (détache les structures en "épingle à cheveux".
DicerEnzyme cytosolique clivant le pro-miARN en miARN (retire la "tête").
RISCRNA-Induced Silencing Complex, complexe protéique se liant aux miRNA, retirant un des deux brins pour s'associer à l'autre et se fixant ensuite sur un ARNm pour en inhiber la traduction.
CREBPcAMP Response Element Binding Protein, facteur de transcription phosphorylé par la PKA en réponse à l'AMPc.
SREBPSterol Response Element Binding Protein, facteur de transcription médiant les effets du cholestérol en initiant la transcription de HMG-CoA synthase et HMG-CoA réductase. Inhibé par le cholestérol.
MyélodysplasiesMaladies caractérisées par une dérégulation de la production de cellules sanguines, évoluant fréquemment vers la leucémie (mutations dans les séquences d'épissage).
Syndrome de CushingMaladie induite par une mutation faux-sens, la sous-unité catalytique de la PKA ne peut plus s'associer à la sous-unité régulatrice --> hypersécrétion de cortisol.
Dystrophie de DuchenneMaladie causée par une mutation frame-shift, perte de la fonction de la dystrophine.
Chorée de HuntigtonMaladie causée par une expansion de triplets, associée à une perturbation de l'autophagie, entraînant une dégénérescence neuronale grave et un décès prématuré.
Test de GuthrieDépistage systématique de la phénylcétonurie (et autres pathologies) chez les nouveau-nés, par prélèvement d'une goutte de sang.
CRISPR-Cas9Système de réparation d'ADN, basé sur un mécanisme bactérien de défense contre les phages.
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Transmission du signal et cancer

Question Answer
RétinolPrécurseur de l'acide rétinoïque et de la rhodopsine. Peut être issu du beta-carotène.
PTENEnzyme retirant un groupement phosphate de PIP-3 pour refaire PIP-2 et stopper la voie métabolique des lipides-kinases.
Proto-oncogèneGène (notation c-xyz) pouvant potentiellement se muter en oncogène (notation v-xyz).
Anti-oncogèneGène normal codant pour une protéine freinant la croissance cellulaire.
RbProtéine associée à E2F, l'empêchant de réaliser son rôle de facteur de transcription pour les protéines de prolifération. Phosphorylé par cdk, ce qui le détache de E2F.
miR-449miARN transcrit par E2F, inhibant la traduction de cdk (rétrocontrôle négatif).
NF-1Protéine anti-oncogène, cofacteur de l'activité GTPase de la protéine G monomérique dans la voie des RTK. Muté, induit la neurofibromatose.
BAXProtéine activée par P53, induisant l'apoptose via relargage du cytC hors de la mitochondrie, activant les caspases.
c-MycFacteur de transcription pour le transporteur GLUT-1. Muté en v-Myc, induit une augmentation de la transcription de GLUT-1.
TIGARProtéine activée par p53, inhibant la PFK2.
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Érythrocytes, métabolisme du fer, métabolisme de l'hèle

Question Answer
HbA1Hémoglobine adulte, a2b2.
HbA2Hémoglobine adulte, a2d2.
HbFHémoglobine fœtale, a2c2.
Hb de BartHémoglobine pathologique compensatoire en cas de thalassémie, g2c2.
DcytBFerriréductase duodénale, réduit le Fe3+ en Fe2+ au niveau de la surface apicale des entérocytes.
BMP-6Bone Morphogenic Protein, protéine sensible à la [fer] plasmatique, dont le récepteur, associé à l'hémojuvline, active la transcription de l'hepcidine.
DéféroxamineSidérophore bactérien, utilisé comme chélateur du fer.
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Coagulation

Question Answer
vWFFacteur de Von Willebrand, produit par l'endothélium et les plaquettes, renforce l'interaction entre ces deux-ci lors d'une lésion de l'endothélium, facilitant l'adhésion plaquettaire.
Prostacycline= Prostaglandine I2, protéine produite par les cellules de l'endothélium pour empêcher l'adhésion plaquettaire si l'endothélium est intact.
PAFPlatelet Activating Factor, libéré dans les granules de sécrétion des plaquettes, activant et recrutant d'autres plaquettes.
Thromboxane A2Cytokine à effet vasoconstricteur.
Domaine GlaDomaine protéique des facteurs de coagulation de type protéase à sérine, contient un AA gamma-carboxyglutamate liant le Ca2+.
Vitamine KVitamine essentielle à la synthèse de dicarboxylates (= gamma-carboxyglutamate).
Antithrombine IIIProtéine inhibant les protéases de la coagulation n'étant pas intégrées dans un complexe, activée par l'héparine.
Protéines C et SProtéines ayant une activité anticoagulante.
tPATissue Plasminogen Activator, protéine convertissant le plasminogène en plasmide.
alpha2-antiplasmineProtéine inhibant la plasmine.
PAIPlasminogen Activator Inhibitor, protéine inhibant l'activateur du plasminogène tPA.
Urokinase, streptokinaseEnzymes utilisées en thérapeutique pour la thrombolyse (infarctus).
Coagulation intravasculaire disséminéeConsommation brutale des facteurs de coagulation (choc septique --> libération d'endotoxine --> activation massive de FT) entraînant des micro-embolies suivies d'hémorragies.
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Protéines plasmatiques

Question Answer
Apo-B48Apolipoprotéine des chylomicrons.
Apo-EApolipoprotéine reconnue par le foie.
Apo-CIIApolipoprotéine activant les lipoprotéines lipases.
Apo-B100Apolipoprotéine des VLDL et LDL, reconnue par les tissus extrahépatiques (liaison au LDLR).
Apo-A1Apolipoprotéine des HDL, reconnue par les récepteurs scavenger (SR-B1).
ACATAcylCoA-Cholesterol AcylTransférase, enzyme réalisant l'estérification du cholestérol.
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Glycolyse

Question Answer
GLUT1,3Transporteurs du glucose à Km élevé, transport limitant dans tous les tissus (non limitant dans les GR car très grande quantité).
GLUT2Transporteur du glucose à faible Km, transport non limitant ([GLU]i = [GLU]e) dans le foie et le pancréas.
GLUT4Transporteur du glucose recrutable (insuline, AMPK), dans les adipocytes, le muscle strié (squelettique et cardiaque).
GLUT5Transporteur du glucose et du fructose, dans le foie et l'intestin grêle.
HK1,2,3Hexokinases à bas Km, non limitant.
HK4= Glucokinase, à Km 8 mM, limitant --> senseur de la [GLU] dans le foie et le pancréas.
RProtéine régulatrice associée à la glucokinase dans le noyau des hépatocytes. Le FRU-1-P s'y associe, libérant la glucokinase.
AMPKKinase activée par AMP (effet Pasteur) dans le cœur. Lors d'un déficit énergétique, AMPK phosphoryle GLUT4 et PFK2.
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