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8 Noyau

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baharicot's version from 2017-01-22 04:13

Enveloppe nucléaire

Question Answer
Structureconstituée de pores nucléaires, de lamines (tramage face interne), et en continuité avec le RER (face externe)
Rôle du pore nucléaireperméabilité passive aux protéines, limitée à 60kDa.
Tramage de lamines se dissocie par .... lors de ....phosphorylation, mitose
Organisation d'un pore nucléaire (5 éléments)- filament cytoplasmique
- anneau cytoplasmique
- anneau nucléaire
- panier nucléaire
- bouchon central avec nucléoporines FG
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Transport sélectif, actif et centripète au travers d'un pore nucléaire

Question Answer
Régulation parles petites GTPases de la famille Ran: Ran-GTP dans le noyau (GEF sur chromatine), Ran-GDP dans le cytosol (GAP dans le cytosol)
Etape 1formation d'un complexe entre une protéine porteuse d'un motif d'adressage au noyau (NLS) et une importine
Etape 2liaison du complexe aux filaments cytoplasmiques
Etape 3guidance vers le pore central
Etape 4translocation dans la matrice nucléaire
NLS classiqueCargo-NLS interagit avec importine alpha, qui interagit à son tour avec l'importine beta; le complexe cargo-NLS-importine alpha-importine beta est adressé au noyau.
NLS non-classiqueCargo-NLS interagit avec importine beta directement, adressage au noyau.
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Organisation des nucléoles

Question Answer
Nucléoles - rôlesites d'assemblage des ribosomes
Nucléoles - localisation
(5)
- cellules jeunes
- cellules cancéreuses
- cellules exocrines comme le pancréas
- cellules endocrines synthétisant bcp de protéines
- plasmocytes car synthétisent bcp d'anticorps
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Classes d'ARN

Question Answer Column 3
PolyméraseARN transcritFonction de l'ARN
ARN poly IARN pré messager et ARN ribosomialComposants du ribosome, synthèse des protéines
ARN poly IImRNA, snRNA, siRNA, miRNAsynthèse des protéines, spliceosome, contrôle de traduction et de la répression de la chromatine
ARN poly IIIARNt, ARN ribosomial 5S, snRNA, ARN 7Ssynthèse des protéines, composants du ribosome, spliceosome, SRP
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Trafic bidirectionnel des constituants des ribosomes

Question Answer
Etape 1ARN ribosomiaux transcrits dans le nucléole sortent dans le noyau
Etape 2Association aux protéines des ribosomes, qui sont entrées dans le noyau par le pore nucléaire
Etape 3Assemblage de chaque sous-unité et sortie dans le cytosol par le pore nucléaire
Etape 4Réunion des 2 sous-unités lors de la synthèse des protéines
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Condensation de la chromatine

Question Answer
Citer les différentes étapes (6) de condensation de la chromatine1) double hélice d'ADN (2nm)
2) Beads on a string (11nm)
3) Fibre de chromatine du chromosome (30nm)
4) Section étendue du chromosome (300nm)
5) Section condensée du chromosome (700nm)
6) Chromosome en métaphase (1400nm)
Beads on a string - décrire- double hélice d'ADN enroulé autour de disques composés de 4 paires d'histones (2A, 2B, 3, 4) = nucléosome
- histone H1 entre les nucléosomes
- taille d'un nucléosome = ~200pb
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Régulation de l'expression de l'ADN

Question Answer
Transcription OFF - mécanismes (2)(1) méthylation des cytosines du promoteur et des îlots CpG (2) méthylation des lysines au niveau des queues des histones 3.
Transcription ON - mécanismes (3)(1) TET2: hydroxylation en hydroxyméthyl puis en formyl des méthyls présents sur les cytosines, levée de la répression (2) méthylation des lysines sur les queues des histones 4 (3) acétylation des lysines sur les queues des histones 3 et 4.
Sites Start pour la transcription - citer les promoteurs (4)(1) BRE: -37 à -32
(2) Boîte TATA: -31 à -26
(3) Inr: -2 à +4
(4) DPE: +28 à +32
Maturation du transcrit primaire(1) ajout coiffe 5' de 7méthylguanosine (2) ajout de la queue poly A en 3' (3) Epissage classique puis alternatif
Découverte de l'épissage par MEEn connaissant la séquence de la protéine, on peut marquer son ARNm et faire une hybridation avec l'ADN: seulement une partie de l'ADN est recouverte par l'ARNm, présence de séquences discontinues qui s'assemblent (exons).
Activation directe du promoteurles glucocorticoïdes peuvent se fixer sur leur récepteur, situé dans le promoteur du gène, en amont de la boîte TATA: la liaison
Citer les différents facteurs de transcription agissant sur le promoteur par fixation à leurs récepteursœstrogène, progestérone, glucocorticoïdes, thyroxine, acide rétinoïque.
Hb de l'embryonalpha 2 - epsilon 2
Hb du fœtusalpha 2 - gamme 2
Hb de l'enfantalpha 2 - beta 2
Inactivation télomérique - expliquersi on mesure le niveau de transcription et la position des gènes: vers les télomères on transcrit moins (extrémités du chromsome), vers le centromère on transcrit +.
La liaison d'un microARN à la partie 3' d'un ARNm peut avoir deux effets - expliquer(1) si complémentarité parfaite: liaison induit la destruction de l'ARNm
(2) si complémentarité imparfaite: liaison bloque la traduction.
Le nb d'ARNm dans une cellule permet-il de prédire le nb de protéines ?non, car certains ARNm peuvent être dégradés par rétrocontrôle négatif ou par les microARNs.
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Processus moléculaireRégulation possible
Epissage et polyadénylation de l'ARN pendant la transcriptionRégulation de l'épissage alternatif de l'ARN et de l'étape de polyadénylation, dégradation des ARN ayant subi une maturation incorrecte.
Edition de l'ARN (rare)Edition de l'ARN spécifique d'un type cellulaire (rare)
Export hors du noyau:Régulation de l'export (rare)
Localisation cytoplasmique (rare)Régulation de la localisation cytosolique
Amorçage de la traductionrégulation
Retrait de la coiffe et dégradation de l'ARNmrégulation de la dégradation de l'ARNm
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Rétrocontrôle négatif par le fer du messager du récepteur de la transferrine

Question Answer
IREdomaine de régulation par le fer (iron responsive element) situé sur l'ARNm du récepteur de la transferrine, sur son extrémité 3' non-traduite.
IBPprotéine liant le fer (complexe Fer-IBP-IRE)
Excès de fer cytosolique - expliquer mécanisme (6)(1) la liaison du fer à l'IBP le détache de l'IRE
(2) cela ouvre l'accès à la 3'-exonucléase
(3) dégradation de l'ARNm du récepteur de la transferrine
(4) synthèse du récepteur de la transferrine diminue
(5) expression à la surface du récepteur diminue
(6) capture endocytaire de fer diminue.
Transferrineprotéine permettant d'internaliser le fer.
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Rétrocontrôle positif par le fer de la traduction du messager de l'apoferritine

Question Answer
Apoferritinemonomère de la coque des particules de ferritine, qui assure le stockage cytosolique de fer, tout en prévenant l'intoxication des cellules.
Excès de fer cytosolique - expliquer mécanisme (5)(1) liaison du fer à l'IBP le détache de l'IRE en amont de la séquence codante du messager de l'apoferritine.
(2) permet le recrutement des ribosomes
(3) synthèse de monomères d'apoferritine augmente
(4) formation de particules de ferritine augmente
(5) stockage du fer augmente.
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Contrôle et exécution de la dégradation protéique ciblée par le système "ubiquitine-protéasome"

Question Answer
Expliquer mécanisme (5)(1) E1 activée par la liaison d'une Ub
(2) Transfert de l'Ub à un résidu cystéine dans E2
(3) Transfert par E3 de l'Ub liée à E2, sur le NH2 de la chaîne latérale d'une lysine de la protéine-cible = formation d'un lien isopeptidique
(4) Ajout d'Ub en + sur la 1ère Ub
(5) Reconnaissance de la cible polyubiquitylée par le protéasome: désubiquitinases (recyclage des Ub) et hydrolyse de l'ATP (transfert de la protéine-cible vers le cœur de protéolyse).
E1enzyme activatrice de l'Ub
E2enzyme de conjugaison à l'Ub
E3ubiquitine ligase
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Lexique

Question Answer
LamineProtéine (filament intermédiaire) formant la lamina, intervenant dans les processus de mitose, d'apoptose et de différenciation cellulaire.
Nucléoporines FGProtéines assurant la perméabilité sélective du pore nucléaire (> 40-60 kDa). Possède domaine globulaire et domaine FG (Phe-Gly répétés avec sqc hydrophobes) = "nuage".
ImportineProtéine transporteuse permettant le passage du pore nucléaire.
Ran (Ras-related nuclear protein)Protéine à activité GTPase, transporte l'importine hors du noyau et responsable de la dissolution du complexe cargo-importine.
Guanine Exchange Factor (GEF)Protéine catalysant le remplacement du GDP de Ran par un GTP.
GTPase Activating Protein (GAP)Protéine catalysant l'hydrolyse du GTP de Ran.
ARN-pol IARN polymérase réalisant la transcription des gènes (ADN) codant pour les ARN ribosomiaux.
ARN-pol IIARN polymérase réalisant la transcription des gènes codant pour les ARN messagers (protéines), les siARN (small interfering, régulateurs) et microARN (régulation de la traduction).
ARN-pol IIIARN polymérase réalisant la transcription des gènes codant pour les ARN de transfert.
Hydroxylase (TET2)Enzyme hydroxylant les méthyle de l'ADN, permettant de lever l'inhibition sur la transcription.
AcétylaseEnzyme acétylant les lysines des histones, permettant l'expression du gène concerné. (Inverse, déacétylase).
Séquence KOZAKSéquence où démarre la traduction (ACCAUGG).
SpliceosomeEnzyme retirant les introns de l'ARN pré-messager.
Interleukine 1Protéine sécrétée par les macrophages pour stimuler les lymphocytes T.
IKKProtéine kinase de l'interleukine.
NFkBProtéine stimulant la transcription d'une métalloprotéase (MMP). Sa NLS est masquée par l'association avec IkB.
IkBProtéine masquant la séquence signal de NFkB. Phosphorylée par IKK pour être ubiquitinée et dégradée.
UbiquitineProtéine se liant sur une lysine, la marquant pour dégradation par le protéasome. Cet réaction peut se faire en chaîne (polyubiquitinylation).
p53Gène suppresseur de tumeurs. Protéine induisant la réparation de l'ADN ou l'apoptose en cas de dégâts irréparables. Régulation par ubiquitinylation.
HIFHypoxia Inductible Factors. Facteurs de transcriptions induisant l'angiogenèse et l'expression du métabolisme anaérobie. Régulation par ubiquitinylation.
IBPProtéine liant le fer, empêchant l'exonucléase de dégrader l'ARNm du récepteur à la transferrine (rétrocontrôle négatif) et le ribosome de traduire la séquence d'apoferritine (stockage du fer).
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